历经多年改革建设，依托新的发展机制，南京财经大学的知名度迅速扩大，社会影响力逐步提升，办学实力明显增强，整体面貌焕然一新，实现了超常规、跨越式发展。
学校现设有经济学院、国际经贸学院、金融学院、财政与税务学院、会计学院、工商管理学院、营销与物流管理学院、法学院、食品科学与工程学院、信息工程学院、公共管理系、外语系、艺术设计系、应用数学系、人文社科部、体育部等16个教学院系（部），1个公有民办二级学院红山学院。共设政治经济学、金融学、产业经济学、统计学、会计学、企业管理等6个硕士研究生专业和经济学、国际经济与贸易、财政学、金融学、贸易经济、保险、税务、统计学、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、人力资源管理、旅游管理、电子商务、管理科学、信息管理与信息系统、公共事业管理、劳动与社会保障、法学、社会工作、英语、广告学、艺术设计、数学与应用数学、应用化学、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、食品科学与工程、食品质量与安全、工业工程等31个本科专业和会计、烹饪工艺等专科专业，基本形成了经济学类、管理学类学科齐全，法学、工学、文学、理学类专业相互依托，支撑配套的学科专业布局，在林立的江苏高校中拥有明显的结构优势。学校现有在校全日制学生16000多人，成人教育和自学考试也取得了较大突破。
学校拥有较为雄厚的教学、科研力量，现有在职教职工1514人，专任教师近900人，其中教授115人，副教授336人；教师中具有硕士以上学位421人，其中博士100余人。教师中有17人获国家级有突出贡献中青年专家称号或享受国务院政府特殊津贴，40余人获省部级专家、省级跨世纪学术带头人、优秀学科带头人、优秀青年骨干教师称号。
学校现有产业经济学、会计学、统计学等3个江苏省重点建设学科，电子商务实验室和粮油品质控制及深加工技术实验室等2个江苏省重点实验室，产业经济学学科被评为江苏省高校优秀学科梯队。近年来，学校教师主持、承担国家级、省部级科研项目300多项，获得省部级以上优秀教学、科研成果奖励100多项，并多次成功举办高水平国际性学术研讨会和全国性学术研讨会。学校设有江苏产业发展研究院、粮食经济研究所等20多个学术研究机构和科研院所，校园学术氛围日趋浓厚。学校出版的《南京财经大学学报》为中国人文社会科学核心期刊、全国优秀社科学报、江苏省一级期刊；同时出版有全国第一本产业经济领域的专业学术期刊《产业经济研究》。
学校设有中国粮食流通管理培训中心、经理学院、江苏省财税干部培训中心、广告设计事务所、科技开发服务部、粮油食品质量检测中心等社会服务机构，2001年底，学校被国家经贸委确定为“十五”期间首批承担工商管理培训的56所资格院校之一。近年来，学校为国家经贸委、财政部、国家粮食局、江苏省人民政府、南京市人民政府以及省内外各类企事业单位承担各种研究和咨询项目100多项，培训干部7000余人。学校工科专业产学研一体化步伐明显加快，开发的30余项研究成果转让给相关企业，取得了较好的经济效益和社会效益。
学校先后与美国、英国、法国、加拿大、澳大利亚、日本、俄罗斯等国家以及香港、台湾等地区的50余所大学及相关科研院所，与联合国粮农组织、世界银行等国际组织建立了全方位的合作交流关系和广泛的学术联系。
学校现有福建路、仙林和桥头3个校区，占地面积3004亩，建筑面积70余万平方米；固定资产总值近13亿元，教学科研仪器设备总值近1亿元；图书馆藏书124万册；建有近200个多媒体教室，100多个各类专业实验室和微机实验室，学生用计算机近3000台；校园环境清幽，景色秀美，绿荫掩映，花香四溢。
面向新的世纪，全校师生将进一步解放思想，锐意进取，争取经过一段时间的努力，把南京财经大学建设成以经济管理类学科为重点，法、工、文、理等学科特色明显，在省内同类院校和相关学科处于领先水平，跻身国内财经类院校先进行列，在国际上具有一定影响的教学科研型省属重点大学。
